เมื่อ พ.ศ. 400 เศษ รัชสมัยของพระเจ้าวัฏฏคามนีอภัย ได้มีพวกทมิฬเข้ามาตีและเข้าครองอนุราธปุระเป็นเวลา 14 ปี จนพระองค์ต้องเสียราชบัลลังก์ เสด็จลี้ภัยไปซ่องสุมกำลัง ระหว่างนั้นทรงได้รับการอุปถัมภ์จากพระมหาติสสะ ต่อมากลับมาครองราชย์อีกครั้ง ได้ทรงให้ทำการสังคายนา และได้ทำการจารึกพระพุทธพจน์ลงในใบลานเป็นครั้งแรก ได้อุปถัมภ์พระมหาติสสะ พร้อมได้สร้างวัดถวาย คือวัด อภัยคีรีวิหาร จนทำให้พระภิกษุชาวมหาวิหารไม่พอใจ จนเป็นเหตุให้คณะสงฆ์แตกออกเป็น 2 คณะ คือ คณะมหาวิหาร กับคณะอภัยคีรีวิหาร ตั้งแต่นั้นมาคณะสงฆ์ลังกาได้แตกออกเป็น 2 กลุ่มใหญ่ แต่ยังเป็นนิกายเถรวาท มีลักษณะต่างกันคือ คณะมหาวิหาร ฝ่ายอนุรักษนิยม ไม่มีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขพระธรรมวินัยใด ๆ และยังตำหนิรังเกียจภิกษุต่างนิกายว่าเป็นอลัชชี คณะอภัยคีรีวิหาร เป็นคณะที่เปิดกว้าง ยอมรับเอาความคิดเห็นต่างนิกาย ไม่รังเกียจภิกษุต่างนิกาย ระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12 ถึง พุทธศตวรรษที่ 1717 เป็นยุคที่ลังกาเดือดร้อนวุ่นวายเพราะการรุกรานจากอินเดียบ้าง ความไม่สงบภายในบ้าง ในระหว่างยุคนี้เองที่ภิกษุณีสงฆ์สูญสิ้น และพระภิกษุสงฆ์เสื่อม จนกระทั่งเมื่อพระเจ้าวิชัยพาหุที่ 1 มีพระราชประสงค์จะฟื้นฟูศาสนาในปี พ.ศ. 1609 ทรงหาพระภิกษุที่อุปสมบทถูกต้องแทบไม่ครบ 5 รูป และต้องทรงอาราธนาพระสงฆ์จากพม่าตอนใต้มากระทำอุปสมบทกรรมในลังกา

เมื่อ พ.ศ. 956 พระพุทธโฆษาจารย์เดินทางจากอินเดียมายังศรีลังกา เพื่อปริวรรตคัมภีร์อรรถกถาพระไตรปิฏกภาษาสิงหลเป็นภาษามคธ (บาลี) เพื่อนำกลับไปยังชมพูทวีป[1]